Cuando las bacterias, virus u otros microorganismos atacan nuestro cuerpos, el sistema autoinmune se pone a trabajar. Tiene dos líneas de defensa: la inmunidad innata y la inmunidad adaptativa. Bruce Beutler, junto a Jules Hoffman, han contribuido a nuestra comprensión de cómo los llamados receptores detectan microorganismos y activan nuestra inmunidad innata. En 1998, al estudiar ratones con mutaciones, Bruce Beutler encontró un gen que está activo en el desarrollo de un receptor que se une a lipopolisacárido, una sustancia producida por varias bacterias patógenas.